O Conselho Gestor da Intesol é um órgão colegiado cujas atribuições são diretamente ligadas às decisões superiores da incubadora, sendo composto pela coordenação da Intesol, Diretor do Instituto de Desenvolvimento Rural ou representante por ele nomeado, representante da Pró-Reitoria de Extensão, Arte e Cultura, representante do Núcleo de Inovação Tecnológica e os parceiros.